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La taille des fragments d'acides nucléiques varie beaucoup :
  • Pour les ARN : 80 (tRNA) à plusieurs milliers
  • Pour les ADN : 5000 (phi x 174) à 108 pour un chromosome

On détermine la taille des fragments par sédimentation dans un gradient de chlorure de césium (CsCl) qui s'établit lors de la centrifugation. L'ADN se concentre en une bande à l'endroit où la densité de la solution de CsCl est égale à la sienne et cette densité est généralement déterminée par comparaison avec un ADN de densité connue.

L'ADN absorbe à 260 nm (à cause des bases puriques et pyrimidiques) lorsque l'on chauffe l'ADN, la viscosité diminue et la densité optique à 260 nm augmente. C'est l'hyperchromicité ou effet hyperchrome. Ceci est dû à la séparation des 2 brins d'ADN appelée fusion. On parle alors de température de fusion ou de Tm.

Comme il y a 3 liaisons H entre C et G et seulement 2 entre A et T, plus le taux en GC est élevé plus Tm est élevée.

Tm est le point de transition où la moitié des brins sont dissociés, comme on peut le voir sur ce graphique :

temperature de fusion

Les brins d'ADN peuvent se réapparier si on les refroidit lentement (technique d'hybridation d'ADN et d'ARN utilisée dans les expériences de northern, southern, pcr...). Si les brins d'ADN sont refroidit rapidement, ils ne vont pas se réapparier.

travian